bioxm(基因序列分析软件)

bioxm中文版是一款基于Windows的核酸序列分析开发的一款基因序列分析软件，由南京农业大学学生研究开发的。功能还是非常多的，主要用于常规分析DNA序列资料，包括ORF查找、序列格式化、翻译、限制酶酶切位点分析、引物辅助设计、两个序列Blast比较等，另外还提供了序列格式文件的批量转换工具，引物浓度计算工具，Tm计算，酶位点查询工具，自动去载体序列工具以及SCI影响因子查询等等。收藏夹中还收录了很多常用的基因或蛋白分析网址，包括了多序列比较和进化树分析，Bioxm中文版界面简洁，操作易上手，有需求的朋友可以下载。

中文版功能特色

1、酶切位点分析
输入序列之后，依次打开：序列分析>酶切位点分析，最后 点"开始分析"
2、DNA 统计分析
除了分析A、G、C、T、N的组成之外，还可以分析GC%的变化趋势。
3、序列比较
BioXM提供了两个序列比较的BLAST本地工具：
依次打开：序列分析>两个序列BLAST联配，依次选择序列比较的类型，输入序列后开始比较

常见问题

1、输入DNA序列BioXM似乎不能正确识别？
答： 这是因为BioXM默认打开的是氨基酸序列，您可以在菜单中选择“序列整理”命令。
2、序列窗口中的序列容易混淆，怎么办？
答： 鼠标双击序列窗口可以更改序列标签名，使您不会混淆各窗口。
3、每次输入DNA序列总是保留其他非法序列怎么办？
答： 您可以在选项中打开强制识别序列为DNA，这样就会祛除其他非法序列。但是如果您要打开氨基酸序列，必须关闭此项目。
4、如何才能快速了解新版本BioXM的特色？
答： 打开帮助>更新记录>可以使您快速了解新版本BioXM的特色。
5、我想编辑序列，该如何做？
答： 如果您要编辑序列或更改序列颜色，可以关闭工具栏中的“是否允许序列自动格式化”图标。
6、查找SSR时好象有所遗漏？
答： 其实这并不是BioXM的错误，考虑到相近的SSR有可能是相同的（至少非常相似）,我们设置了两个重叠SSR之间的距离，将其设置的小一些可能会出现更多的彼此靠近的SSR。
7、我运行BioXM总是忘记了时间怎么办？
答： 不要紧，您可以在选项中打开“提醒打开BioXM时间”选项卡，这样每过1个小时，BioXM就会自动提醒您。
8、窗口数目太少，怎么办？
答： 在工具>选项>序列窗口>中可以更改窗口出现的数目和背景色。

更新日志

v2.6版本
1、增加了2-4个序列窗口，序列分析更加方便
2、改进了界面，增加了新的图标
3、选项中增加了“序列”窗口选项卡，允许设置窗口数目及背景颜色等
4、修改了Blast程序的界面，更专业
5、酶切位点的位置增加了简单的图示
6、允许改变序列窗口的标签名
7、菜单中增加了“技巧和提示”
8、选项中增加菜单显示方式：XP或2003式样
9、选项中增加是否需要运行BioXM时间提示
10、工具中加入SSR搜索程序(v1.00)，与其他程序相比，采用新的算法，对于超过100kb的序列搜索速度快
11、彻底改变文本框对于序列长度的限制
12、改进了序列快速格式化的算法，对于长序列速度显著加快
13、序列分析中加入蛋白质分子量和等电点计算