BioSolvetIT SeeSAR是一款直观、可视化的药物设计平台,广泛用于分子和原子化合物的原型设计和模拟。从虚拟筛选到基于片段的设计,包括所有对处理化合物和目标结构至关重要的工具,已经根据任何化学家的需求进行了微调,如ADME属性评估,全面的颜色编码,空置装订口袋可视化,以及许多其他功能,支持您做出合理的交互式决策。
BioSolvetIT SeeSAR为用户提供了一个强大的工具来快速筛选配体修饰或延伸,以探索或填充靶结构的结合腔。帮助您生成新的知识产权或解决分子中的问题,在Inspirator模式中实现的ReCore工具的支持下,SeeSAR在预处理库(即所谓的“索引”)中搜索,以匹配所选分子区域中的替代物。
1、快的
快速对接、设计和分析您的化合物,并提供快速而丰富的计算。
2、视觉的
通过直观的颜色代码和华丽的可视化评估配体-目标相互作用。
3、容易的
我们提供令人满意的即时药物设计体验。没有学习曲线!
1、下载BioSolvetIT Seesar资源包,进行解压获得BioSolvetIT Seesar安装包
2、默认进行安装
3、安装完成不要立即运行
4、将patch文件夹中的exe文件复制到BioSolvetIT Seesar目录下进行覆盖
5、之后打开BioSolvetIT Seesar即为注册版本
1、蛋白质模式
拖放你的蛋白质,或者在网上数据库中轻松搜索。几秒钟内,你的目标就准备好了,你可以开始了。
2、蛋白质编辑器模式
根据你的需要修改你的蛋白质。探索旋转异构体,引入突变,定制侧链。
3、结合位点模式
SeeSAR自动为您检测配体的结合位点。此外,您可以通过添加单个残基来精确扩展它——或者只需单击一下就可以找到蛋白质中的空口袋。
4、分子编辑器模式
在2D或3D飞行中根据您的喜好修改分子。一旦你完成了,分子就直接为你的任务做好了准备。
5、分析器模式
估计亲和力,并使用可视化的海德评分解释结果。筛选化合物的相关参数,计算ADME性质,并获得对配体-靶相互作用的完全控制。
6、注射器模式
创意无限!发现新的支架,探索并生长到自由腔中,或使用片段库连接分子以获得优雅的解决方案。
7、停靠模式
只需一次点击,即可将您的化合物对接!筛选活性物质库,并本能地评估您的结果。
8、相似性扫描仪模式
根据分子相似性排列化合物,无需目标结构。
v13.1.1版本
共价对接的改进
共价弹头的自动探测;SeeSAR现在从输入分子中检测36种最常用的共价弹头,并自动将其转化用于共价对接,从而产生共价蛋白质-配体复合物。
一旦共价对接开始,检测和转化就在后台进行。
用户现在可以避免手动编辑分子和在输入分子的适当位置添加连接原子的繁琐步骤。
带有接头[R]的分子仍然像往常一样支持共价对接。
适合共价对接的自动检测蛋白质残基
SeeSAR现在检测结合位点中的残基Cys、Ser、Thr、Tyr、Lys、Gln和Asn,并将其制备为锚,用于通过对接以对接模式共价附着分子。
任何适合共价停靠在结合位点的残基(来自上面的列表)在可能发生共价连接的侧链上以蓝色半透明胶囊突出显示。
要选择一个残基进行共价对接,只需单击相应的胶囊即可。共价对接的残基分配通过胶囊颜色变为粉红色来直观指示。
注意:对接过程中,SeeSAR不会确定所选残基与对接库中分子的相容性。来自停靠库的所有分子将停靠在选定的残基上。
外部硬件上的大规模坞站:引入外部对接模式
停靠模式开关现在可以切换到右侧,以找到SeeSAR的新模式,用于运行大规模停靠计算外部硬件,如单个强大的机器或集群。
成功使用此模式的先决条件是配置HPSee、BioSolveIT的高性能计算框架,该框架也随此版本一起推出。
一旦在外部服务器(远程机器、集群)上安装了HPSee,就可以通过SeeSAR的系统设置中新添加的“Web服务”选项来配置对服务器的访问。
该模式接受各种输入,包括从其他模式添加的分子、从外部文件加载的分子以及通过HPSee上传到外部服务器的库。
此模式下的所有停靠运行都在配置的外部硬件上运行,一旦启动运行,用户就可以切换到SeeSAR中的其他模式来执行其他任务。
如果用户愿意,也可以通过在系统设置的“计算”选项中打开相应的自动计算,在服务器上完成停靠姿态的海德优化。
注意:一旦在此模式下启动停靠运行,建议不要改变所用蛋白质的结合位点。
用户通过播放按钮上的进度指示器得知正在进行的对接运行的状态。
用户可以通过单击橙色按钮来取消已经开始的运行,这将终止运行并从服务器中删除所有结果。
通过由消息中心传送的适当通知消息,用户被告知他们启动的运行完成。
可用性改进:加强对颜色和可见度的控制
SeeSAR现有版本中的序列视图现在被更恰当地命名为“目标视图控制”面板。该部分提供了改进的可用性,以控制装载到SeeSAR中的目标大分子的不同组分的可见性和颜色。
不言自明的下拉项目“可见性”和“颜色”规定了目标上的哪些成分,即残基、链、分子、金属和表面,将在其上进行预期的颜色或可见性分配。
杂项改进
将蛋白质加载到蛋白质或蛋白质编辑器模式时,SeeSAR会检查结构的完整性,如果结构不完整,会通过表格上蛋白质条目上的指示器警告用户。
如果SeeSAR检测到PDB信息数据库过期,PDB输入区会显示一个警告三角形。
展开内容
8.7/1.24G
管立得2024版是广联达科技股份有限公司推出的—款城市管网工程BlM设计软件,旨在为管线工程设计提供一站式解决方案。采用平台化设计理念,集成给水、排水、燃气、市政电气、热力等城市管网设计模块,深化BIM技术应用,设计成果可满足三维模型及信息的BIM交付以及施工图交付。
7.5/396.81M
zemax2016官方版一款Radiant Zemax推出精心制作的一款光学设计软件,对于涉及到光学设计领域的用户们不必缺少的一款辅助软件。直接对光学模拟的学科以及光学模拟实际操作提供帮助。
9.3/93.44M
mockplus是一款简单易用的原型图设计工具,它适用于团队、个人在软件、产品等新事物设计开发时使用,主要是一个物品概念的建立。软件操作简单,功能丰富,能够以简单的方式清晰的表达自己的设计理念,通过创建原型图,与同事进行产品的讨论,将意见、斑斑等信息保留在软件内,并且支持各种设备
9.1/6G
Vero Edgecam 2023是一款非常专业的数控编程软件,同时也是由Vero公司带来的最新一代数控编程软件,它能充分发挥实体与刀具路径之间的关联,在三维修改中,Surfcam拥有二维以及三维建模功能,支持二轴至五轴的数控设备。
8.7/577.37M
Artcam2018是Autodesk公司收购Delcam公司之后推出的第二个全新版本,为目前最新版本,是目前世界上最为顶级的艺术浮雕设计加工软件,其具有独特的CAD造型和CNC、CAM加工解决方案,被广泛应用于雕刻产生、模具制造、珠宝生产、包装设计、纪念章和硬币制造以及标牌制作
EPLAN Electric p8 2024官方版(电气工程设计软件)
8.3/1.89G
EPLAN Platform 2024新版本中增加了 块属性的计算功能、端子编辑器优化,该软件现在可以自动连接备用导体并计算电压降。
8.1/1.77G
OriginLab OriginPro 2022简称OriginPro 2022,众所周知其是由OriginLab公司专为全球商业行业、学术界、以及政府实验室等领域超过50万科学家和工程师用户们所量身打造的一款专业科学绘图和数据分析应用。
7.6/8.7G
solidworks2015中文版是一款专业的cad开发软件。其为用户提供了一整套完整的动态界面和鼠标拖动控制。“全动感的”的用户界面减少设计步骤,减少了多余的对话框,从而避免了界面的零乱。
7.3/10.31G
Matlab 2017a(全名Mathworks Matlab R2017a,中文名矩阵实验室)是美国MathWorks公司设计的全球知名的应用于科学计算、可视化以及交互式程序设计的商业数学软件,主要用于算法开发、数据分析、数据可视化和数值计算的高级技术计算语言及交互式环境,可实
9.0/21.15G
Matlab 2019b是由美国MathWorks公司出品开发的一款非常高效的商业数学软件,该软件能够帮助用户将数值分析,矩阵计算,科学数据可视化以及非线性动态系统的建模和仿真等诸多强大功能集成在一个易于使用的视窗环境中,让你轻松完成计算操作!
9.0/1.25G
Siemens Simcenter FloEFD 2022简称为FloEFD 2022,它是Siemens PLM Software公司出品的一款流体动力学(CFD)分析工具,它能够与Creo,CATIA V5,Siemens NX、Solid Edge等软件无缝结合,并将
8.9/2.23G
zemax2023中文版是美国Radiant Zemax公司所推出的一款光学设计软件,主要用于光学组件设计和照明系统的照度分析,也可建立反射、折射以及绕射等光学模型,它可以对照明系统进行照度分析,并且能够设计光学组件。
9.0/161.65M
shoemaster 16.03是意大利Torielli公司研发的一款鞋类辅助设计制造软件,采用世界领先的CAD / CAM系统,为鞋业提供2D和3D解决方案。它拥有所有类型鞋类的设计,开发和工程所需的所有工具和功能,一共包含了九大工具,每一个工具都为您的设计项目提供强大的支持。
7.2/12.64G
matlab 2018b(全名MathWorks MATLAB R2018b)一款由美国公司MathWorks设计的MATLAB语言创意开发和数据分析工具,运用范围广泛,使用性强,可以直接用于数学学习,以及编程算法分析,和图形可以实话创建模型。
9.6/2.51M
neonplay亮化软件是一款功能强大的LED动画设计软件(霓虹灯制作软件),主要用于城市亮化工程的动画制作。与其他同类型的相比,例如Flash,3D等大型软件的动画制作来说,neonplay亮化软件的功能虽然很单一,只能进行文字的制作与小型动画的制作。
9.0/135M
iqboard交互式电子白板软件是一款能够帮助你设计出多媒体教学演示的工具。使用它你能够创建出多种演示文本。这些文本有着多种格式,像PPT、Word、board等多种模式供你进行演练。
9.4/47.04M
我家我设计软件是由全国家居应用软件行业的第一品牌圆方软件与全国最大整体家具直销网新居网研发出的一款完全免费的三维立体家庭装修室内设计软件。用户有了我家我设计家具diy设计只需几分钟即可轻松搞定,在这里用户可以随意改变房子的户型和家具的摆放直到你满意为止。