MRIcron(医学影像分析软件)

MRIcron是一款专注于医学影像处理与分析的开源软件，主要应用于神经科学领域。它支持多种医学影像格式，包括 DICOM 和 NIfTI，并提供直观的界面和强大的功能，帮助科研人员和临床医生查看、编辑和分析脑成像数据。

功能特色

1、格式转换

内置 dcm2nii 工具，可将 DICOM 格式的医学影像数据转换为 NIfTI 格式，便于后续分析。

支持多种医学影像格式的导入和导出，包括 SPM、Analyze、NIfTI 等。

2、三维可视化

提供强大的三维渲染功能，支持多角度观察脑部结构。

支持图像的切割、缩放、旋转，方便用户从不同视角分析影像数据。

3、图像处理与分析

图像配准（Registration）：支持不同影像数据的空间对齐。

标准化（Normalization）：将影像数据标准化到标准空间（如 MNI 空间）。

去噪（Denoising）：提供图像去噪功能，提高影像质量。

4、统计分析

支持对 fMRI（功能性磁共振成像）数据进行统计分析，生成激活图。

可进行组分析（Group Analysis），比较不同组别的影像数据。

5、ROI 分析

提供绘制 ROI 的工具，用户可以手动或自动定义感兴趣区域。

支持 ROI 的统计分析，提取特定区域的影像特征。叠加比较支持多幅影像的叠加显示，便于比较不同时间点或不同条件下的影像变化。

6、其他功能

支持 MNI 坐标、地标（Landmark）显示。

提供图像的亮度、对比度调整功能。

支持多图层加载，方便同时查看多个影像。

MRIcron画大脑叠加图教程

1、首先选择背景图像， file 菜单的 open templates 命令。有很多背景底图，这里选择一个背景底图ch2bet.nii.gz。

2、在背景上添加其他图像，只需选择 overlap，add 图像。比如选择自己自定义的一个example.nii图像，就可以把自定义的nii图像在背景图ch2bet上显示了。

对Backgroud背景图像使用 一般使用Grayscale配色，点击可以将右边的Grayscale灰度配色方案运用到Backgroud背景图像上。数字表示图像强度范围为 从 45 到 120，值 低于45 将显示为全黑，高于120 将显示为白色。

我们也可以通过打开colorbar来检查图像值的范围，点击：

显示colorbar：

colorbar上的值确实比120高的值为白色，低于45为全黑了。这个按钮用左键点colorbar是横着的，用右键点击colorbar是竖着的。这个按钮左边是取消colorbar的显示。

接下来，我们可以对叠加层使用其他的配色方案。比如对example.nii使用red_otto配色。配色范围设置0.1-0.3，点击将右边的red_otto配色运用到example.nii图像上，就画好叠加图了。